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La chiesa di San Nicolò è considerata una delle più vecchie Abbazie esistenti in Liguria. Pare sia stata consacrata il 27 luglio del 345 dc da San Romolo vescovo di Genova.È probabile che la chiesa primitiva con l’annesso Monastero, fosse nella zona detta della Chiesa Vecchia. L’attuale chiesa romanica si pensa sia stata costruita intorno all’anno 1000. La Congregazione di San Rufo, che apparteneva all’ordine dei Canonici Regolari Lateranensi tenne San Nicolò o San Nicoloso o San Nicchioso (come è detto) dal 1100 al 1444 in quanto nel 1441 il Papa Eugenio IV stabilisce che l’Abate e i canonici dipenderanno dalla Santa Sede.Dal 1444 al 1860 circa fu retta da Abati Commendatari (informazioni dettagliate raccolte da D.N. Lavarello-Memorie - all’Archivio di Stato, Biblioteca Civica Beriana, Biblioteca Urbana).
La chiesa fu chiusa al pubblico perché inclusa nella legge della soppressione dei beni ecclesiastici fatta dal Governo del Regno. Negli anni in cui la chiesa rimase abbandonata, fu privata di tutti i suoi arredi sacri e trasformata in abitazione dai pescatori locali. Nel 1864, 30 novembre sulla Gazzetta di Genova, c’è l’annuncio che viene posta in vendita all’asta pubblica la Villa di San Nicolò (beni dell’Abbazia) di proprietà del demanio. Viene acquistata il 5-11-1865 da Cav. Andrea Bozzo, che restaurò chiesa e costruì al suo fianco il caseggiato tutt’ora esistente adibito ad abitazioni. Nel 1870 la chiesa fu riaperta al culto e dal 1874 affidata ai padri Minimi fino al 1890, nel 1895 il figlio di Andrea, Don Giacomo Bozzo ereditò la chiesa, assieme al Mulino. Don Giacomo Bozzo, con l’Ing. Galliano incominciò i lavori di restauro, che condusse a buon punto, ma furono interrotti alla sua morte nel 1910, e la chiesa divenne proprietà ecclesiastica. Nel 1925 furono ripresi da Don Lavarello che li portò a termine.